Karta została podpisana w Strasburgu 22 kwietnia 2001 r. i była reakcją na kryzys ekumeniczny po wydaniu rok wcześniej deklaracji Dominus Iesus Kongregacji Nauki Wiary kierowanej przez kard. Josepha Ratzingera. Wielu protestantów poczuło się wówczas urażonych watykańskim dokumentem, oświadczając zarazem, że stawia on pod poważnym znakiem zapytania przyszłość ekumenicznych relacji z Kościołem katolickim. Pośród tych nieporozumień europejskie Kościoły i Wspólnoty kościelne postanowiły potwierdzić wolę kontynuowania dialogu pomimo trudności, co znalazło wyraz właśnie w Karcie Ekumenicznej. Podpisali ją przewodniczący dwóch europejskich instytucji reprezentujących katolickie episkopaty (CCEE) oraz niekatolickie Kościoły i Wspólnoty kościelne (KEK). To również przedstawiciele tych samych organizacji będą w najbliższy poniedziałek dyskutować o sukcesach i porażkach ekumenizmu na Starym Kontynencie w minionej dekadzie.