Za akty przemocy wobec ludności papuaskiej odpowiadają zmilitaryzowane bojówki, co budzi sprzeciw organizacji pozarządowych i Kościołów chrześcijańskich.

Szereg zamieszek wywołała śmierć trzyletniego papuaskiego chłopca. Źródła podają niewiele informacji o szczegółach zajścia, ze względu na zakaz poruszania się zagranicznych dziennikarzy po prowincji. Chłopiec zginął prawdopodobnie od śmiertelnego ciosu zadanego przez 2 żołnierzy, na których lokalni mieszkańcy dokonali następnie samosądu. Tego samego wieczoru, w odwecie, żołnierze z batalionu Wamena Honelama mieli spalić setki domów, zabijając wielu cywilów, w tym kilkoro dzieci.

Od czasu pierwszych zamieszek Kościoły zdążyły zmienić metody przeciwdziałania spirali przemocy. W połowie czerwca ordynariusz Jayapury, bp Leo Laba Ladjar, przyjął chrześcijańskich i muzułmańskich przywódców religijnych. Po spotkaniu wydano wspólne oświadczenie potępiające akty przemocy, potwierdzając tym samym wolę współpracy dla utrzymania pokoju, miłości i tolerancji.

Przedstawiciele papuaskich Kościołów chrześcijańskich zwrócili się również do rządu z apelem o powstrzymanie wojskowych nadużyć w Papui. Pastor Socrates Yoman, przewodniczący jednej z największych wspólnot protestanckich w regionie, przekonywał dyplomatów różnych krajów do podjęcia konkretnych działań. „Tylko międzynarodowa interwencja powstrzyma dalsze cierpienia Papuasów. Próba dialogu jak dotąd nie powiodła się. Potrzeba pomocy neutralnego mediatora” – powiedział duchowny.