Sprawcami byli młodzi islamiści, którzy na ulicach tego portowego miasta domagali się zemsty za zabójstwo radykalnego imama Abouda Rogo Mohammeda. ONZ oskarżała go o wspieranie Al Kaidy oraz rekrutowanie dla niej bojowników we wschodniej Afryce. Przypuszcza się, że za niedzielnym zamachem na imama stoją kenijskie służby specjalne, choć policja stanowczo zaprzeczyła tym domysłom. Odwet na chrześcijanach wzbudził oburzenie wiernych. Forum Kościołów w Mombasie zażądało natychmiastowej reakcji zwierzchników muzułmańskich.