Kościół Ewangelicznych Chrześcijan powstał w Rosji w XIX wieku. Był rezultatem nowego ruchu religijnego, który pojawił się prawie równocześnie w trzech miejscach: na południu Rosji i Ukrainy, na Kaukazie oraz w stolicy kraju - Petersburgu.

Mennonici i mołokanie

Na południu Rosji i Ukrainy w I połowie XIX w. działalność misyjną prowadzili Niemcy - z wyznania mennonici. Osiedliło się ich tam bardzo wielu. Prawosławni nazywali ich sztundystami (z niem. die Stunde - godzina), ponieważ zapraszali swych rosyjskich i ukraińskich sąsiadów na tzw. godziny biblijne. Na zaproszenie mennonitów w roku 1845 przyjechał na Ukrainę kaznodzieja niemiecki Eduard Wiust. Jego pełne zapału przemówienia stały się sławne.

W tym samym czasie na Kaukazie mieszkało wielu przesiedleńców z różnych stron Rosji. Wśród nich byli mołokanie - członkowie ruchu religijnego w Kościele Prawosławnym, który głosił nawrót do Pisma Świętego. Mołokanie szli przez miasta i wioski Kaukazu kolportując Nowy Testament w języku rosyjskim. 20 sierpnia 1867 roku handlowiec i przełożony gminy mołokan, Nikita Woronin, został ochrzczony w rzece Kurze. Trzy lata później prowadzony przez niego zbór liczył 78 członków, a nowy ruch nazwany został "baptyzmem".

W Petersburgu nowe prądy religijne szerzyły się wśród arystokracji. Hrabina Czertkowa, żona generała armii rosyjskiej sprowadziła w 1874 roku do Rosji lorda G. Rodstocka, znanego kaznodzieję należącego do ruchu tzw. Braci Plymuckich. Lord Rodstock prowadził spotkania religijne w domu Czertkowej, a następnie w Kościele protestanckim, gdzie przemawiając w języku angielskim i francuskim rozbudził zainteresowanie arystokracji i pozyskał kilku zamożnych i wpływowych wiernych.

Od roku 1887 działalność misjonarską prowadził w Rosji zwolennik idei Rodstocka, dr F. Bedeker. Pracował w Petersburgu, Moskwie, w krajach bałtyckich, na Ukrainie, Kaukazie, a nawet na Syberii.
1 kwietnia 1884 r. w Petersburgu odbył się pierwszy zjazd zjednoczeniowy nowego ruchu, na który zaproszono także wierzących z południa Ukrainy i Rosji, a także baptystów z Kaukazu. Zjazd planowany był na osiem dni, lecz drugiego dnia policja carska aresztowała delegatów i przewiozła do Twierdzy Pietropawłowskiej.

Od tego czasu Ruch Ewangelicznych Chrześcijan rozwijał się tajnie, w podziemiu. Dopiero po rewolucji 1905 roku prześladowania zelżały. W 1905 roku ewangeliczni chrześcijanie otrzymali zezwolenie na publikacje pierwszego protestanckiego miesięcznika w Rosji "Chrześcijanin". W roku 1908 władze zgodziły się zarejestrować Zbór Ewangelicznych Chrześcijan w Petersburgu. Powstało wiele nowych zborów, placówek i grup. 25 grudnia 1908 roku rozpoczął się w Petersburgu dwutygodniowy zjazd, na którym powołano Wszechrosyjski Związek Ewangelicznych Chrześcijan. Prezesem związku został Jan Prochanow, piastując ten urząd przez dwadzieścia lat. Dla ujednolicenia zasad wiary opracował projekt "Zasad wiary Ewangelicznych Chrześcijan" oraz statut związku, które zostały przyjęte na drugim zjeździe w roku 1910. W roku 1913 otwarto pierwszą w Rosji Szkołę Biblijną. Ruch rozwijał się. W roku 1928 Wszechrosyjski Związek Ewangelicznych Chrześcijan liczył ponad milion osób.

Początek w Kowlu

Na ziemiach polskich pierwszy zbór ewangelicznych chrześcijan powstał w 1909 roku w Kowlu. Nową wiarę propagowały tam H. Rucka i A. Kurowska, które poznały idee ewangelicznych chrześcijan w Rosji (znaczna część ziem polskich należała wówczas do państwa rosyjskiego). Obie panie zaprosiły do Kowla dwóch kaznodziejów ewangelicznych z Odessy - Gockiego i Nasypajkę. W maju i czerwcu przyjęto do zboru w Kowlu 38 osób.

Wkrótce ewangeliczni chrześcijanie zaczęli zakładać zbory w innych polskich miejscowościach. Wstępowało do nich jednak niewielu Polaków, dominowali Ukraińcy, Rosjanie i Białorusini. Nowe zbory tworzono na Wołyniu, Polesiu i Chełmszczyźnie.

Po odzyskaniu niepodległości ruch nadal ograniczał się do ziem wschodnich Rzeczpospolitej. Szczególnie licznym zborem był zbór w Równem, który już w 1923 r. miał 430 członków. W roku 1922 Związek Słowiańskich Zborów Ewangelicznych liczył 22 zbory i 1778 członków, a w roku 1928 już 82 zbory i 6473 członków. W roku 1927 Związek Słowiańskich Zborów Ewangelicznych, jako jedyny spośród pokrewnych ruchów religijnych, uzyskał prawną legalizację wydaną przez Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego.

Ewangeliczni Chrześcijanie prowadzili ożywioną działalność ewangelizacyjną wśród młodzieży, muzyczną, wydawniczą i charytatywną. Do dnia wybuchu II wojny światowej odbyło się 12 zjazdów związkowych.
1 grudnia 1937 r. w warszawskim Zborze Ewangelicznych Chrześcijan otwarto międzywyznaniową Szkołę Biblijną. W momencie wybuchu II wojny światowej do Związku Słowiańskich Zborów Ewangelicznych i do Stowarzyszenia Wzajemnej Pomocy Ewangelicznej, które tworzyły Unię, wchodziło 131 zborów, 288 placówek, 935 stacji misyjnych, 18444 członków dorosłych, 27383 wraz z dziećmi, 104 szkółki niedzielne, 119 kół młodzieżowych, 112 chórów, 56 kół niewiast, 2 sierocińce oraz Szkoła Biblijna w Warszawie.

Od Związku do Kościoła

Wraz z zakończeniem wojny i przesunięciem granic olbrzymia większość zborów znalazła się po stronie radzieckiej, gdzie weszły one do Związku Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów.
Działalność w Polsce została wznowiona przede wszystkim w Warszawie i na Lubelszczyźnie. W Warszawie pierwsze spotkanie odbyło się 6 stycznia 1946 roku w jednym z mieszkań prywatnych, gdzie zebrało się 6 osób. Kaplica zborowa przy ul. Szerokiej 26, gdzie mieściła się przed wojną centrala związku oraz Szkoła Biblijna, została spalona i zniszczona. Kiedy w prywatnym mieszkaniu zbierało się już 50 osób zakupiono część domu na Pradze przy ul. Targowej 71. W nowej kaplicy w czerwcu 1946 r. odbył się I Zjazd odnowionego Związku Ewangelicznych Chrześcijan. 28 listopada 1946 r. władze uznały ważność przedwojennej legalizacji Związku.

24 maja 1947 roku w Ustroniu odbyła się wspólna konferencja, podczas której Związek Ewangelicznych Chrześcijan, Związek Wolnych Chrześcijan i Związek Stanowczych Chrześcijan utworzyły Zjednoczony Kościół Ewangeliczny, do którego w roku 1953 przyłączyło się Zjednoczenie Kościołów Chrystusowych i Związek Chrześcijan Wiary Ewangelicznej (zielonoświątkowcy). W momencie tworzenia Z.K.E. Związek Ewangelicznych Chrześcijan posiadał ponad 40 zborów i placówek.

Po rozpadzie Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego powstał Kościół Ewangelicznych Chrześcijan z siedzibą w Warszawie przy ul. Zagórnej 10. Obecnie w jego skład wchodzi 29 zborów oraz 22 placówki i stacje misyjne. Kościół Ewangelicznych Chrześcijan liczy ok. 2000 wiernych.