Zaczęło się w Szwajcarii
Organizatorami Kościoła Ewangelicko-Reformowanego byli dwaj najwybitniejsi obok Marcina Lutra reformatorzy religijni XVI wieku: Ulryk Zwingli (1484-1531) i Jan Kalwin (1509-1564).
Kalwin, francuski prawnik i teolog, w roku 1534 opowiedział się po stronie obozu reform kościelnych. Uciekł z katolickiej Francji do Bazylei w Szwajcarii, gdzie przeważali zwolennicy Zwingliego. Tam doszło do połączenia zwolenników zwinglianizmu z kalwinistami. W ten sposób powstał szwajcarski Kościół Reformowany.

W 1536 roku Kalwin opublikował w Bazylei swój zasadniczy traktat: Institutio christianae religionis. Następnie osiedlił się w Genewie, poświęcając się organizacji nowego Kościoła. Utworzył zarządzający Kościołem konsystorz, w skład którego oprócz duchownych wchodzili także świeccy.
Kalwin odrzucił autorytet papiestwa, kult świętych, kult obrazów, instytucję zakonów i celibat księży.
Z sakramentów pozostawił jedynie chrzest i komunię, którą nakazywał przyjmować pod dwiema postaciami. Inaczej jednak niż katolicy i luteranie interpretował Eucharystię. W akcie przemienienia Ciała i Krwi Pańskiej podczas mszy widział jedynie symbol oraz pamiątkę.
Kalwin wprowadził również zasadę predestynacji, głoszącą, że Bóg "z góry" przeznaczył poszczególnych ludzi albo do zbawienia albo do potępienia. "Ludzie zostają potępieni nie dlatego, że grzeszą, ale grzeszą dlatego, że ich Bóg potępił" – uczył Kalwin.
Kalwin zalecał oparcie się wyłącznie na Piśmie Świętym, negował rolę tradycji. Odrzucał wolność woli ludzkiej.

Kalwinizm pochwalał bogacenie się, zniósł zakaz pożyczania na procent (lichwy). Na Zachodzie stał się więc ideologią zamożnego mieszczaństwa i rodzącego się kapitalizmu.

Państwo bez stosów
Inaczej było w Polsce, gdzie najwięcej zwolenników kalwinizm zdobył wśród szlachty i magnaterii. Polską szlachtę pociągał zwłaszcza demokratyczny ustrój nowego Kościoła i hasła spolszczenia liturgii.
Wydaje się jednak, że jeszcze ważniejsze były przyczyny polityczne. Część magnatów chciała obalić potęgę polityczną i ekonomiczną Kościoła, a reformatorzy głosili wszak postulat egzekucji dóbr kościelnych. Wyznawcami nauk Kalwina szybko stali się najwięksi polscy magnaci: Mikołaj Oleśnicki i Mikołaj Radziwiłł Czarny.

Pierwszymi propagatorami nauk Kalwina w Polsce byli ks. Feliks Krucyger, Mikołaj z Iłży i ks. Abraham Kulwieć. W 1550 roku odbył się w Pińczowie pierwszy w Polsce kalwiński synod. Ustalono na nim zasady nowej wiary i porządek nabożeństw.

O ile luteranizm rozwijał się w Polsce przede wszystkim w środowiskach mieszczańskich Wielkopolski, Pomorza i Śląska, o tyle kalwinizm najwięcej zwolenników znalazł w Małopolsce i na Litwie, gdzie jego możnym protektorami byli Radziwiłłowie i Sapiehowie. W Małopolsce nowe parafie fundowali Stadniccy, Szafrańcowie, Firlejowie, Zborowscy, w Wielkopolsce – Leszczyńscy i Tomiccy, na Rusi – Jazłowieccy. W województwach lubelskim i chełmińskim prawie połowa szlachty przyjęła nową wiarę.
Do nowego Kościoła przyłączyli się wybitni intelektualiści: Mikołaj Rej, Andrzej Frycz Modrzewski, Mikołaj Ostroróg, Jan Łaski. W 1551 r. w Pińczowie otwarto pierwszą szkołę ewangelicką, odznaczającą się wysokim poziomem nauczania. Potem przez kilkadziesiąt lat bujnie rozwijało się piśmiennictwo kalwińskie.

W XVI wieku w Rzeczpospolitej istniały trzy kalwińskie jednoty (odpowiednik diecezji): wielkopolska, małopolska i litewska. W 1569 roku w senacie Rzeczpospolitej zasiadało aż 38 kalwinistów. W kraju istniało wówczas około dwustu zborów.
Rozwój reformacji w Polsce był możliwy dzięki tolerancji religijnej. Jej ukoronowaniem była uchwalona w 1573 roku przez Sejm konfederacja warszawska, nazywana wielką kartą wolności sumienia. Dokument ten gwarantował swobodę i równouprawnienie wszystkich wyznań. Była to w ówczesnym świecie ustawa unikalna. Wszędzie bowiem prześladowano innowierców, dochodziło do wojen religijnych. Katolicy palili na stosach protestantów, protestanci katolików. Walczyli ze sobą również luteranie i kalwiniści. Rzeczpospolitą nazywano natomiast państwem bez stosów.

Czasy stagnacji

Polski kalwinizm bardzo osłabiło wyodrębnienie się wspólnoty braci polskich. Doprowadzono jednak do unii z inną mniejszością religijną – braćmi czeskimi, spadkobiercami idei czeskiego reformatora z XV wieku – Jana Husa. W 1570 roku trzy główne wyznania reformacji: luteranie, kalwiniści i bracia czescy podpisali ugodę sandomierską.
Ostatecznie doszło do scalenia kalwinistów i braci czeskich w jeden Kościół Ewangelicko-Reformowany. Obecny zbór Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w Zelowie został założony właśnie przez braci czeskich.

Cały czas również luteranie i kalwiniści próbowali się porozumieć i zjednoczyć w jednym Kościele.
Mimo to wpływy reformacji w Polsce z dziesięciolecia na dziesięciolecie malały. Kościół Ewangelicko-Reformowany miał coraz mniej wyznawców. Od połowy XVII wieku odwrót reformacji jest już bardzo wyraźny. Jej płomień gasł równie szybko jak sto lat wcześniej rozgorzał.
Pod koniec XVIII wieku działacze reformacji próbowali przeciwdziałać zupełnemu zanikowi swych Kościołów. W 1777 roku w Sielcu podjęto próbę połączenia organizacyjnego Kościołów Ewangelickich: Augsburskiego i Reformowanego. Wspólny konsystorz istniał jednak tylko do 1782 roku.
Potem, w Królestwie Kongresowym, w 1828 roku znów utworzono wspólny konsystorz augsbursko-reformowany. Na jego czele stanęli kalwinista Karol Diehl i luteranin Samuel Bogumił Linde. Istniał on do roku 1849.

Ostatnią nieskuteczna próbę połączenia obu Kościołów podjęto w 1926 roku.
W okresie międzywojennym w Polsce istniały dwie niezależne jednoty: warszawska i wileńska. Łącznie skupiały ok. 23 tysiące wiernych skupionych w 30 parafiach.
Wielu duchownych i działaczy Kościoła zginęło podczas okupacji. To sprawiło, że po wojnie odrodził się w bardzo okrojonym kształcie.