Sprawą ograniczania wolności religijnej w Indonezji zajmuje się w tych dniach oenzetowska Komisja Praw Człowieka.
Analizuje ona na sesji od 8 do 26 lipca w Genewie alarmujące dane o wzrastaniu nietolerancji w tym azjatyckim kraju, a nawet wprost przypadkach prześladowań religijnych.
Wprawdzie indonezyjski minister ds. wyznań Suryadharma Ali uważa, że kraj ten respektuje swe pluralistyczne społeczeństwo i sześć uznanych tam oficjalnie wspólnot religijnych (obok islamu katolicyzm, protestantyzm, hinduizm, buddyzm i konfucjanizm). Przytacza rządowe dane, według których w latach 1997–2004 wzrosła tam liczba miejsc kultu, i to bardziej tych, które należą do innych religii, niż do będących większością w Indonezji muzułmanów (meczetów o 64 proc., kościołów katolickich o 152 proc., świątyń buddyjskich o 368 proc., a hindustycznych o 475 proc. Minister twierdzi, że media skoncentrowały się jedynie na odizolowanych przypadkach negatywnych.
Tymczasem nie są one takie rzadkie, jak wynika z danych organizacji niezależnych. Według „Wahid Institute”, indonezyjskiego ośrodka promocji pluralizmu religijnego, liczba przypadków nietolerancji religijnej w ostatnich latach wzrasta (w 2012 r. – 274 przypadki, w 2011 – 267, w 2010 – 184). Z kolei raport organizacji pozarządowej Human Rights Watch przypisuje rządowi Indonezji współudział w prześladowaniu mniejszości religijnych i wprowadzanie przepisów naruszających ich prawa.
Czołowy w indonezyjskim Kościele badacz dialogu i religii, ks. Franz Magnis-Suseno SJ, oskarżył w maju prezydenta Indonezji Susilo Bambanga Yudhoyono w liście otwartym do Appeal of Conscience Foundation w Nowym Jorku o odpowiedzialność za narastanie tam nietolerancji i przemocy wobec mniejszości religijnych. Przypomniał coraz większe trudności chrześcijan w uzyskiwaniu zezwoleń na otwarcie nowych miejsc kultu, jak też przymusowe zamykanie kościołów czy biurokratyczne zarządzenia utrudniające kult.
Na chwilę obecną nie wiadomo, czy dokonano również aresztowań.
Odnotowano też wzrost dyskryminacji wyznawców Chrystusa w miejscach pracy.