Patriarcha na przełom wieków

Aleksy II jest zwierzchnikiem swego Kościoła od 7 czerwca 1990 r. Wybrany został spośród sześciu kandydatów, a na jego kandydaturę jako następcy zmarłego patriarchy Pimena i 15. patriarchę Moskwy głosowało 166 spośród 317 członków Świętego Synodu. Aleksy II był pierwszym patriarchą, w którego wybór nie ingerowały władze państwowe. Został wprowadzony w urząd 10 czerwca 1990 r.

Wcześniej Aleksy miał opinię hierarchy wrogiego rządowi. Już jako metropolita leningradzki i nowogrodzki (w latach 1986-90) odcinał się od polityki ówczesnych władz sowieckich. Uchodził początkowo za osobę nie rzucającą się w oczy; w tajnym raporcie na temat Kościoła prawosławnego, przygotowanym w 1975 r. dla Komitetu Centralnego KPZR, Wasilij Furow z Rady ds. Religijnych zaszeregował Aleksego do tych hierarchów, którzy "nie przejawiają specjalnej aktywności w krzewieniu prawosławia". Jednak szybko metropolita zmienił swoją postawę. Był pierwszym wysokiej rangi hierarchą, który we wrześniu 1987 r. otwarcie krytykował stosunki Kościół-państwo. Jednocześnie energicznie opowiadał się za zniesieniem dyskryminującej ustawy o religiach z 1929 r. i uchwaleniem nowego ustawodawstwa zrównującego w prawach wspólnoty wyznaniowe w ZSRR. W kilka miesięcy później Gorbaczow ogłosił nową "ustawę o wolności sumienia" opartą o żądania wysuwane przez Aleksego.

Patriarcha Aleksy II publicznie przeprosił za postawę swego Kościoła w czasach panowania komunistycznego. Prosił też o wybaczenie Węgrów za interwencję sowiecką w ich kraju w 1956 r. i Finów za sprowokowaną przez Moskwę wojnę z ich krajem w latach 1939-40.

W 1993 r. patriarcha mówił do biskupów prawosławnych o konieczności "pokuty za tych spośród nas, którzy byli niedostatecznie nieustępliwi wobec reżimu w latach prześladowań". W 1991 r. w Nowym Jorku potępił antysemityzm, a trzy lata później opowiedział się za uznaniem połączonego unią z Rzymem Kościoła greckokatolickiego na Ukrainie.