Patriarcha na przełom wieków

Od 1990 r. stoi on na czele Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i kierował jego odbudową i odnową po siedemdziesięciu latach ucisku komunistycznego. W łonie Kościoła Aleksy II stara się o zachowanie równowagi między siłami dążącymi do reform a prądami silnie konserwatywnymi, antyekumenicznymi, często nawet o zabarwieniu nacjonalistycznym.

W 1999 r., z okazji 70. rocznicy urodzin Aleksego II, prezydent Rosji Borys Jelcyn przyznał patriarsze najwyższe odznaczenie rosyjskie - Order św. Andrzeja, jako wyraz uznania dla wkładu zwierzchnika rosyjskiego prawosławia "w duchową odbudowę Rosji, na rzecz pokoju i stabilności społeczeństwa rosyjskiego".

Po upadku systemu komunistycznego i rozpadzie Związku Radzieckiego Patriarchat Moskiewski stanął wobec problemu oderwania się Kościołów narodowych, w tym części prawosławia na Ukrainie i w Estonii. W sporze o Kościół w Estonii doszło nawet do trwającego pewien czas rozłamu z ekumenicznym patriarchą Konstantynopola. Stosunki z Konstantynopolem można określić generalnie jako wyścig o to, kto zdobędzie większą przewagę w światowym prawosławiu.

W ostatnich miesiącach Aleksy II osiągnął postępy w pojednaniu z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym za Granicą. Po raz pierwszy delegacja RKPG złożyła wizytę w Moskwie, a jego Synod w Jordanville zaakceptował wyniki rozmów w sprawie przywrócenia wspólnoty kościelnej. RKPG powstał po rewolucji październikowej 1917 r., która spowodowała masową emigrację z Rosji. Później część rosyjskich biskupów emigracyjnych podporządkowała się Konstantynopolowi, inni uznali się w 1927 r. za jedynych prawnych spadkobierców Kościoła rosyjskiego sprzed rewolucji oświadczając, że Patriarchat Moskiewski, a przede wszystkim jego "locum tenens" (namiestnik) metropolita Siergiej, są niekanoniczni ze względu na "posłuszeństwo wobec reżimu komunistycznego". Po zmianach politycznych 1989 r. Kościół zagraniczny utworzył dziesiątki swoich wspólnot w Rosji.

W stosunkach ekumenicznych z innymi Kościołami chrześcijańskimi patriarcha Aleksy "mocno naciska na hamulec", nie przerywając jednak dialogu. Chociaż w latach osiemdziesiątych był przewodniczącym Konferencji Kościołów Europejskich (KEK) - organizacji o charakterze ekumenicznym, skupiającej ponad 120 nierzymskokatolickich Kościołów chrześcijańskich - obecnie wypowiada się bardzo krytycznie nt. ekumenizmu i przy różnych okazjach krytykuje zarówno KEK, Światową Radę Kościołów, jak i inne międzynarodowe instytucje wyznaniowe.