Do nowego Kościoła przyłączyli się wybitni intelektualiści: Mikołaj Rej, Andrzej Frycz Modrzewski, Mikołaj Ostroróg, Jan Łaski. W 1551 r. w Pińczowie otwarto pierwszą szkołę ewangelicką, odznaczającą się wysokim poziomem nauczania. Potem przez kilkadziesiąt lat bujnie rozwijało się piśmiennictwo kalwińskie.
W XVI wieku w Rzeczpospolitej istniały trzy kalwińskie jednoty (odpowiednik diecezji): wielkopolska, małopolska i litewska. W 1569 roku w senacie Rzeczpospolitej zasiadało aż 38 kalwinistów. W kraju istniało wówczas około dwustu zborów.
Rozwój reformacji w Polsce był możliwy dzięki tolerancji religijnej. Jej ukoronowaniem była uchwalona w 1573 roku przez Sejm konfederacja warszawska, nazywana wielką kartą wolności sumienia. Dokument ten gwarantował swobodę i równouprawnienie wszystkich wyznań. Była to w ówczesnym świecie ustawa unikalna. Wszędzie bowiem prześladowano innowierców, dochodziło do wojen religijnych. Katolicy palili na stosach protestantów, protestanci katolików. Walczyli ze sobą również luteranie i kalwiniści. Rzeczpospolitą nazywano natomiast państwem bez stosów.
Czasy stagnacji
Polski kalwinizm bardzo osłabiło wyodrębnienie się wspólnoty braci polskich. Doprowadzono jednak do unii z inną mniejszością religijną – braćmi czeskimi, spadkobiercami idei czeskiego reformatora z XV wieku – Jana Husa. W 1570 roku trzy główne wyznania reformacji: luteranie, kalwiniści i bracia czescy podpisali ugodę sandomierską.
Ostatecznie doszło do scalenia kalwinistów i braci czeskich w jeden Kościół Ewangelicko-Reformowany. Obecny zbór Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w Zelowie został założony właśnie przez braci czeskich.
Cały czas również luteranie i kalwiniści próbowali się porozumieć i zjednoczyć w jednym Kościele.
Mimo to wpływy reformacji w Polsce z dziesięciolecia na dziesięciolecie malały. Kościół Ewangelicko-Reformowany miał coraz mniej wyznawców. Od połowy XVII wieku odwrót reformacji jest już bardzo wyraźny. Jej płomień gasł równie szybko jak sto lat wcześniej rozgorzał.
Pod koniec XVIII wieku działacze reformacji próbowali przeciwdziałać zupełnemu zanikowi swych Kościołów. W 1777 roku w Sielcu podjęto próbę połączenia organizacyjnego Kościołów Ewangelickich: Augsburskiego i Reformowanego. Wspólny konsystorz istniał jednak tylko do 1782 roku.
Potem, w Królestwie Kongresowym, w 1828 roku znów utworzono wspólny konsystorz augsbursko-reformowany. Na jego czele stanęli kalwinista Karol Diehl i luteranin Samuel Bogumił Linde. Istniał on do roku 1849.
Ostatnią nieskuteczna próbę połączenia obu Kościołów podjęto w 1926 roku.
W okresie międzywojennym w Polsce istniały dwie niezależne jednoty: warszawska i wileńska. Łącznie skupiały ok. 23 tysiące wiernych skupionych w 30 parafiach.
Wielu duchownych i działaczy Kościoła zginęło podczas okupacji. To sprawiło, że po wojnie odrodził się w bardzo okrojonym kształcie.